Auf die Laufwerksbuchstaben A: und B: können keine virtuellen Laufwerke gelegt werden, obwohl keine Diskettenlaufwerke angeschlossen sind. Dies liegt daran, dass verschiedene Programme dort ein Diskettenlaufwerk erwarten und nicht damit umgehen können, hier CD-Laufwerke vorzufinden. Da diese Probleme sehr massiv sein können, ermöglicht es Virtual CD nicht, auf diesen Laufwerksbuchstaben virtuelle Laufwerke einzubinden.